Der VAR noget fordækt ved USAs månelanding i 1969. NASAs egentlige mission var nemlig at undersøge vraget af det Cybertron-fartøj, der styrtede ned på månen i 1961. Nu prøver autobotterne, med Sam Witwickys hjælp, at udvinde de teknologiske hemmeligheder fra skibets last. Men decepticonerne er også ude efter dem. Det er tid til Transformernes endelige opgør.